Mr. Future Ninja è un pluripremiato platformer che vede un ninja impegnato a percorrere un lungo percorso attorno a un grattacielo futuristico, il quartier generale di una malvagia corporazione. Hanno rapito il tuo clan e progettano di condurre esperimenti su di esso. Il loro piano è quello di clonare i propri ninja e venderli come servitori senza cervello. Sei l'ultima speranza per distruggere la corporazione e liberare il tuo clan!