Il protagonista del gioco
, Jack, è accreditato per aver scoperto i segreti della Cripta e aver accumulato la sua fortuna, che gli ha permesso di prendere il controllo della Hyperion Corporation e diventare il sovrano del pianeta Pandora. Jack promette di ripulire il disastro che ha travolto il pianeta, ma inizia a sterminare la popolazione di Pandora per creare una nuova vita sul pianeta. Jack possiede una magnifica base di rifornimento situata sulla luna di Pandora, che è visibile e può schierare le forze di Hyperion in qualsiasi area di Pandora.
